2012年7月8日日曜日

hmatrixのインストール



Windows+Cygwin環境でHaskellをやりたくて,前回Haskell PlatformとMeadowのhaskell-modeまではやったけど,hmatrixのインストールで往生してた件,やっと情報を見つけた.英語だけどこれ(https://github.com/AlbertoRuiz/hmatrix/blob/master/INSTALL.md)が良いみたい.

1. gsl-lapack-windows.zipの入手

blas, lapack, gsl-0といったhmatrixに要求されているライブラリが全てまとめてあるとの事.ここ
https://github.com/downloads/AlbertoRuiz/hmatrix/gsl-lapack-windows.zip)からgsl-lapack-windows.zipをダウンロードできる.以下はダウンロードしたgsl-lapack-windows.zipを/usr/local/srcに置いたものとした説明

2. gsl-lapack-windowsを利用したhmatrixのインストール

$ cd /usr/local/src
$ unzip gsl-lapack-windows.zip
$ cabal update
$ cabal install hmatrix --extra-include-dirs="C:\cygwin\usr\local\src\gsl-lapack-windows" --extra-lib-dirs="C:\cygwin\usr\local\src\gsl-lapack-windows"

今度は「fatal error: gsl/gsl_odeiv2.h: No such file or directory」とか言われる.これはgsl-lapack-windowsがまだ古く,最新のhmatrix-0.14.0.1に含まれる一部のソースファイルがコンパイルできないことが原因.hmatrix-0.13.1.0を使えば良いらしい.

$ cabal install hmatrix-0.13.1.0 --extra-include-dirs="C:\cygwin\usr\local\src\gsl-lapack-windows" --extra-lib-dirs="C:\cygwin\usr\local\src\gsl-lapack-windows"

できたー!

3. hmatrixを使用する前に

喜んだのもつかの間,hmatrixを使ったプログラムをインタプリタで実行しようとするとdllが見つからないと怒られてしまう.gsl-lapack-windowsの中にあるblas.dll,lapack.dll,libgsl-0.dll,libgslcblas-0.dllの4つ全てをロードできる場所にコピーしないといけないのだが,64bitのWindowsの場合は”C:\Windows\System32”の中にコピーしても意味が無い.何とも分かりにくいのだが,64bitのWindowsの場合はdllの32/64bitに関わらず,コピー先は”C:\Windows\SysWOW64”.これは歴史的な経緯から来ているらしいが,とにかく64bit Windowsの場合はdllのコピー先がSysWOW64と覚えておけば良いみたい.


2012年7月7日土曜日

Haskell事初め

研究にしてももプログラミング言語にしても,楽しそうなやつにいろいろ手を出してるから業績も製作物も何ともまとまりが無いことになっちゃってるが,
これはもう性分と諦めて Haskell をやってみようと思う.
(Windows+Cygwinの環境でやってます)

1. 処理系をインストール

GHCとHugsという処理系が有名らしい.Hugsってやつはメンテが滞っているらしいからGHCを使う事にする.GHC+お役立ちパッケージをインストールしてくれるHaskell Platformってのをインストールする.
インストーラはここ(http://hackage.haskell.org/platform/index.html)からダウンロードできる.
環境変数も追加してくれるので楽ちん.

2. haskell-modeのインストール

Emacs(Meadow)の設定は非常に重要.ここ(http://www.haskell.org/haskellwiki/Haskell_mode_for_Emacs)を辿って諸々のelispをダウンロードして展開.できたディレクトリをhaskell-modeって名前に変更して~/.emacs.dの中に突っ込む.
あとは,.emacs内で,

(add-to-list 'load-path "~/.emacs.d/haskell-mode")
(require 'haskell-mode)
(require 'haskell-cabal)
(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.hsquot; . haskell-mode))
(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.lhsquot; . literate-haskell-mode))
(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.cabal\\'" . haskell-cabal-mode))

とでもやっておけばとりあえずはOK.その他,いろいろな便利設定はここ(http://d.hatena.ne.jp/kitokitoki/20111217/p1)が詳しいっぽい.

3. Hello World

適当な場所にhello.hsというファイルを作り,中に

main = putStrLn "Hello World!"

という1行を加える.
あとはターミナルで,

$ ghc hello.hs
$ ./hello.exe

でOK.コンパイルせずに実行するためには,

$ ghc -e Main.main hello.hs
あるいは,
$ runghc hello.hs




(追記:hmatrixのインストール)

*結論は上手くいかないってことなので期待しないように.
ある程度仕事に使えそうじゃないと続かないものが更に続かなくなるので行列演算ライブラリの導入は必須.Haskellにはcabalというシステムがあって簡単にライブラリをインストールできる(現時点ではアンインストールが出来ないので手動でファイルを削除する必要があるらしい).
早速,

$ cabal update
$ cabal install hmatrix

とやってインストール使用とするものの,blas, lapack, gsl-0がないですよと怒られる.そこでCygwinのsetup.exeを実行し,それらに関する-develのパッケージをインストール.ライブラリとインクルードファイルの場所を指定して再度cabalを実行する.

$ cabal install hmatrix --extra-include-dirs="C:\cygwin\usr\include" --extra-lib-dirs="C:\cygwin\lib"

が,まだgsl-0が無いと言われる.gslらしきものは入れてるので困ってしまうが,しょーがないのでGSLを自分でコンパイルしてインストールしてみる事にする.コンパイルには,autoconf, automake, gcc, libtool, makeが必要なので,持ってない場合はCygwinのsetup.exeでインストール.GSLのソースファイルをここ(http://ftp.jaist.ac.jp/pub/GNU/gsl/)からダウンロードしてきて/usr/local/srcに置く.ダウンロードしたのは最新の1.15.

$ cd /usr/local/src
$ tar xzvf gsl-1.14.tar.gz
$ cd gsl-1.14
$ ./configure
$ make

ここでエラーがでてる.バージョン落としてもダメだし,いろいろ調べてみたがこりゃ難しそう.
Cygwin厄介…なんか萎えるわ….

2012年7月4日水曜日

Numpyで行列の各行,各列,各要素に関数を適用

PythonでRのapplyみたいな関数が無いか探してたらずいぶん迷ってしまった.
やりたかったのは,numpy.linalg.norm()みたいにベクトルに対して適用する関数を
ある行列の各行ごとに適用することで,Rのapplyならaxisというパラメータをいじれば
適用先が各要素なのか各行なのか各列なのか指定できる.

最初はvectorizeという関数を見つけて,これでできると思ったらaxisみたいなパラメータが無い.
つまり,vectorizeは各要素に関数を適用する場合専用ってこと.
んで,時間を無駄にしてapply_along_axis()をみつけた.

ただそれだけ.